（一）引进培养人才问题
专精特新企业作为中小企业，在人才报酬和升迁等待遇上，存在一定短板，从而存在人才招聘困难、人才流失率较高等问题。此外，一些专精特新中小企业的人才需求较为特殊，需要具备专业技能、偏门专业等，而这类人才的供给相对不足，导致专精特新中小企业的人才匹配难度提高。
总之，在人才问题上，专精特新中小企业存在中小企业普遍存在的人才流动频繁、人才流失较大、人才效益不高等现象。如果没有较高的企业福利支撑，人才没有得到理想的报酬，或者不是人才感兴趣的行业，制约专精特新中小企业发展的人才缺乏问题就始终存在。
招到人才是第一步，是否能调动人才的积极性则是另一个问题。与同行业大中型企业相比，大中型企业对人才的吸引力更高，专精特新中小企业的对口专业人才的入职率较低。如果不能做好人才的培训、培养，就很难让人才尽快适应工作、发挥出最大潜能。
（二）融资难问题
专精特新中小企业的特点就是研发投入占比大，而研发资金的回收周期又很长，再加上生产、营销等方面需要，经常发生急需融资的情况。专精特新中小企业同样会面临中小企业普遍存在的融资困难问题。
首先，在银行贷款渠道方面，商业银行以抵押担保贷款为主，而专精特新中小企业又普遍缺少抵押物。商业银行信贷模式与中小企业经营特点错位，使得商业银行对高风险、低利润的中小企业贷款更加谨慎，从而导致信贷审批手续繁杂、审批周期长。尤其是续贷时，商业银行一般只会在偿还旧贷后，才会发放新贷，致使银行出现“惜贷”现象。
其次，专精特新中小企业自身的融资管理也存在一些问题。比如实际经营过程中，为了扩大销售发生赊销，产生一定量的应收账款，导致资金紧张。因此，加强对内部闲置资金的管理、加快应收账款的回收、制定合理的收账政策等，可以在一定程度上缓解资金不足的问题。
此外，专精特新中小企业往往很难做到科学、准确地预测当前的资金需要量，也很难精确地计算不同融资方式可能发生的融资成本及资金成本，从而未能根据企业实际情况选择适宜的融资方式，将导致企业的生存能力和发展空间受到限制。
金融和投资机构对专精特新中小企业融资持慎重态度，造成其资金来源有时依赖自筹或借款。利用商业信用这种以流动负债形式为主的融资方式，需建立在长期良好的信用合作关系基础上。如果经常产生挂账，会影响企业之间的信用关系，陷入纠纷继而影响后续业务开展。
（三）市场竞争及变化带来的挑战
专精特新中小企业专注于某一细分领域，本身其市场容量就有一定局限，如果再有较多的竞争对手，包括大型企业、跨国公司、其他同业企业等，会导致市场份额和利润空间受到挤压。
如果由于国内消费升级等因素的影响导致市场发生变化，为了适应市场或为了扩大市场份额，专精特新中小企业需要不断提高产品质量和服务水平，还要不断加大研发投入力度，以提高产品和服务的市场竞争力。
另外，国内外市场需求的波动，贸易规则、行业标准、监管措施等不确定性，都会带来挑战。国际贸易摩擦，全球产业链重构等，在提供市场机会和空间的同时，也会带来市场风险。需要专精特新中小企业加快自主创新和自给自足的步伐，以适应外部环境的变化。
科学技术的快速发展，新技术的应用等，为专精特新中小企业提供便利的同时，还会带来更激烈的市场竞争。新兴技术的发展和应用，可以为专精特新中小企业提供更多的技术手段和工具，更多的产品形态和服务模式，拓展市场领域和渠道，帮助其提升生产效率和管理水平。同时，因为市场竞争对手同样也会受益于新技术应用后的各种好处，获得产业链转型升级，提升市场竞争力和社会影响力，从而使得竞争更加激烈。
（四）所属地域差异带来的挑战
自改革开放以来，我国东部沿海地区因区域优势和先发政策优势等原因，发展相比于中西部地区要快一些；而且东部沿海地区不断吸引人才和资金聚集，不断扩大对中西部地区的优势。近十年来，南北经济发展也有明显的区域差距，南方整体发展速度超过了北方。而在同一个区域，中心城市得益于国家或省级的发展战略，对周边地区又有绝对的优势。这种发展态势叠加各地资源禀赋、人文历史遗留的问题等因素一起作用，使得各地的制度环境、政策导向、激励方式和扶持力度等方面存在较大差异。
从前五批专精特新“小巨人”企业地域分布特点能够得出，未来专精特新“小巨人”企业的分布还是会以经济较为发达的长三角和粤港澳为主，因为它们的产业链基础好。而像西安、武汉、合肥等地的技术条件并不差，但在应用端，机会相比长三角和粤港澳较少。产业集聚度、资金和人才的相对劣势地位，以及营商环境的不同，使中西部地区、北方地区、非中心城市的专精特新中小企业在技术水平、经营管理、科技创新、人才结构等方面面临很大挑战。
无障碍浏览
